O Museu é uma instituição autônoma, que completou 200 anos em 2018 e é integrante do Fórum de Ciência e Cultura da Universidade Federal do Rio de Janeiro, vinculada ao Ministério da Educação.

Criado por D. João VI em 06 de junho de 1818 e inicialmente sediado no Campo de Sant’Ana, serviu para atender aos interesses de promoção do progresso cultural e econômico do país.

Como museu universitário, tem perfil acadêmico e científico. Suas exposições resultam da história da instituição e da excelência de suas atividades de pesquisa e ensino, cumprindo a finalidade precípua de produção e disseminação do conhecimento nas áreas de ciências naturais e antropológicas.